目前中国与捷克之间只有一条直飞航线，即海南航空的北京首都国际机场直飞布拉格航线，每周执飞三个往返航班，班期为每周一、三、五。
- 北京到布拉格：北京时间02:30从北京起飞，当地时间06:45抵达布拉格，飞行时长10小时15分钟。
- 布拉格到北京：当地时间14:00从布拉格起飞，次日北京时间05:20到达北京，飞行时长预计9小时20分钟，
这条航线开通于2015年9月，当时是中国首条飞往捷克的直飞航线。
此后，四川航空开通了布拉格-成都航线，东方航空开通了布拉格-上海、布拉格-西安的航线。
但在新冠疫情后，这些航线全部停运。
2024年6月，海南航空北京首都-布拉格航线复航，但东航和川航的航线仍继续处于停运状态。