马来西亚有十大城市群，分别以吉隆坡、槟城、新山、古晋、怡保、亚庇、马六甲、关丹、亚罗士打、哥打巴鲁（哥打峇鲁）为中心。
该国航空业发达，马航和亚航是该国主要的航空公司，在世界范围内小有名气。
吉隆坡国际机场（KLIA）是马来西亚最繁忙且规模最大的机场，也是亚洲主要的航空交通枢纽之一。此外马来西亚各主要城市基本都有自己的机场，可以方便地从吉隆坡搭乘飞机前往各旅游目的地。
| 机场名称 | 机场代码 | 距市区 | |
|---|---|---|---|
| 吉隆坡国际机场 Kuala Lumpur International Airport |
KLIA | 50公里 | |
| 梳邦国际机场(苏丹阿都阿兹沙机场) Subang Terminal Airport (Sultan Abdul Aziz Shah Airport) |
STA | 20公里 | |
| 槟城国际机场 Penang International Airport |
PEN | 16公里 | |
| 马六甲国际机场 Malacca International Airport |
MKZ | 12公里 | |
| 亚庇国际机场 Kota Kinabalu International Airport |
BKI | 8公里 | |
| 兰卡威国际机场 Langkawi International Airport |
LGK | – | |
| 新山士乃国际机场 Senai International Airport |
JHB | 23公里 | |
| 古晋国际机场 Kuching International Airport |
KCH | 11公里 | |
| 怡保国际机场 Ipoh International Airport |
IPH | 5公里 | |
| 美里国际机场 Miri International Airport |
MYR | – | |
| 瓜拉登嘉楼机场 Kuala Terengganu Airport |
TGG | 8公里 | |
| 斗湖国际机场 Tawau Airport |
TWU | 14公里 | |
| 山打根国际机场 Sandakan Airport |
SDK | 11公里 | |
| 民都鲁机场 Bintulu Airport |
BWU | 11公里 | |
| 纳闽国际机场 Labuan International Airport |
LBJ | – | |
吉隆坡国际机场
吉隆坡国际机场（Kuala Lumpur International Airport) 位于雪兰莪州南部的雪邦，离吉隆坡约50公里。此机场正式启用於1998年6月27日，取代之前的梳邦国际机场。
吉隆坡国际机场有两个航站楼，其中2014年5月2日投入使用的新航站楼（KLIA2）经常被翻译成“吉隆坡第二国际机场”，但其实只是一个航站楼。
大多数航空公司的飞机都停靠在主航站楼。而KILA2则基本算是马来西亚世界级的廉价航空公司亚航（Air Asia）专属使用，是亚航的大本营，此外也有少数几家其他的廉航。
梳邦国际机场（STA）
Subang Terminal Airport 梳邦国际机场（STA）又叫Sultan Abdul Aziz Shah Airport或者Subang Skypark，位于吉隆坡以西20多公里处。
目前梳邦国际机场只有成功航空（Berjaya Air）和飞萤航空（Firefly）起降，主要作为低成本航空公司的枢纽机场。